巡抚衙门旧址位于苏州市沧浪区书院巷20号，1982年被列为市级文物保护单位。现由苏州卫生学校负责保护管理。
巡抚衙门又名巡抚都御史台，别称抚台衙门。明代开始，专设巡抚为地方最高长官， 清代正式以巡抚为省级地方政府长官，号称“封疆大吏”，总揽一省军事、吏治、刑狱、吏治、盐漕等务。

    巡抚衙门旧址原为鹤山书院所在地，明代永乐年间改为衙署。自明宣德设巡抚到清末，480 余年间曾有不少名臣治事其中，诸如周忱、海瑞、汤斌、宋荦、梁章钜、张伯行、林则徐等。林则徐在任前后达五年之久，政绩卓著，深受人民爱戴。末任巡抚程德全受革命力量推动，在此宣布江苏独立，脱离清廷，对促使清政府瓦解也起了一定作用；日寇侵华时，这里做过警察局；抗战胜利后驻过陈明仁的七十一军和戴笠的平定部队，后又作为伤兵院；解放军进驻后作为部队康复医院，以后又撤军建校，初为医学专科学校，后改为护士学校，再改为卫生学校；文革中工宣队进驻，划出一大块地给隔壁的铁路司机学校。文革结束后复校。

    巡抚衙门原来规模甚大，现存清同治五年（1866年）重建的门厅、轿厅、大厅、楼厅等建筑。原主体建筑的大堂已于1980年被拆毁（地下挖起的大磉石上有“万历”印记），2000年卫生学校筹措资金对第三、四进建筑进行了全面修缮。
目前，巡抚衙门旧址的总体建筑形制仍较完整、清晰，单体建筑结构保存较好。